einen Hash kompakter schreiben (gelöst) (Allgemeines zu Perl)

[thread]15105[/thread]

einen Hash kompakter schreiben [gelöst]

Leser: 27

Articles: hide open all | hide show old branches

+6 replies

Gast hawahe

2010-06-06 13:49

Hallo Community,

ich wüsste gerne, ob es eine Möglichkeit gibt den folgenden hash kürzer zu schreiben:

Code (perl): (dl )

%codons = (
        "GCU" => "Ala",
        "GCC" => "Ala",
        "GCA" => "Ala",
        "GCG" => "Ala",
        "UGU" => "Cys",
        "UGC" => "Cys",
        "GAU" => "Asp",
        "GAC" => "Asp",
        "GAA" => "Glu",
        "GAG" => "Glu",
        "UUU" => "Phe",
        "UUC" => "Phe",
        "GGU" => "Gly",
        "GGC" => "Gly",
        "GGA" => "Gly",
        "GGG" => "Gly",
        "CAU" => "His",
        "CAC" => "His",
        "AUU" => "Ile",
        "AUC" => "Ile",
        "AUA" => "Ile",
        "AAA" => "Lys",
        "AAG" => "Lys",
        "CUU" => "Leu",
        "CUC" => "Leu",
        "CUA" => "Leu",
        "CUG" => "Leu",
        "UUA" => "Leu",
        "UUG" => "Leu",
        "AUG" => "Met",
        "AAU" => "Asn",
        "AAC" => "Asn",
        "CCU" => "Pro",
        "CCC" => "Pro",
        "CCA" => "Pro",
        "CCG" => "Pro",
        "CAA" => "Gln",
        "CAG" => "Gln",
        "CGU" => "Arg",
        "CGC" => "Arg",
        "CGA" => "Arg",
        "CGG" => "Arg",
        "AGA" => "Arg",
        "AGG" => "Arg",
        "AGU" => "Ser",
        "AGC" => "Ser",
        "UCU" => "Ser",
        "UCC" => "Ser",
        "UCA" => "Ser",
        "UCG" => "Ser",
        "ACU" => "Thr",
        "ACC" => "Thr",
        "ACA" => "Thr",
        "ACG" => "Thr",
        "GUU" => "Val",
        "GUC" => "Val",
        "GUA" => "Val",
        "GUG" => "Val",
        "UGG" => "Trp",
        "UAU" => "Tyr",
        "UAC" => "Tyr",
        "UAA" => "STOPP",
        "UAG" => "STOPP",
        "UGA" => "STOPP",
        "UGG" => "STOPP",
);

wie ihr sehen könnt, hadelt es sich um einen hash indem sich die sogenannte codesonne befindet. da es jetzt aber mehrere schlüssel mit dem gleichen wert gibt müsste es doch eine methode geben, diese in eine liste oder ähnlichem zusammen zu fassen.

bin für anregungen sehr dankbar
mfg
~hawahe
Last edited: 2010-06-06 14:01:07 +0200 (CEST)

+5 replies
roooot

2010-06-06 14:05
User since
2008-03-03
276 Artikel
BenutzerIn
Du könntest den Hash nach dem Ergebnis sortieren und dann im Array die ganzen Schlüssel speichern.

Beispiel:
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5

{ Ala => ['GCU', 'GCC', 'GCA', 'GCG'], Cys => ['UGU', 'UGC'], #... }
Viele Grüße :)
- +4 replies
- Gast hawahe
  
  2010-06-06 14:18
  So habe ich das auch schon gesehn. nur dient das hash dazu eine dna sequenz in eine aminosäure sequenz umzuwandeln. dies mache ich durch:
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2
  
  $nexttripplet='AUG'; $aminos.=$codons{$nexttripplet};
  
  zumindest so ungefähr.
  Wie könnte ich jetzt mit dem was du mir gegeben hast das gleiche erzielen?
  Last edited: 2010-06-06 14:32:27 +0200 (CEST)
  - +3 replies
  - MatthiasW
    
    2010-06-06 14:33
    User since
    2008-01-27
    367 Artikel
    BenutzerIn
    
    Die Struktur kannst du umformen, so wie du sie brauchst:
    
    Code (perl): (dl )
    
    1 2 3 4 5 6 7 8
    
    my %codons = ( Ala => ['GCU', ...], ... ); %codons = map { my $v = $_; map { $_ => $v } @{ $codons{$v} }; # edit: $_ durch $v ersetzt } keys %codons;
    
    Oder aber map direkt beim aufschreiben:
    
    Code (perl): (dl )
    
    1 2 3 4
    
    my %codons = ( (map {$_ => 'Ala'} qw/GCU GCC GCA GCG/), ... );
    
    MfG
    Last edited: 2010-06-06 14:36:12 +0200 (CEST)
    perl -E'*==*",s;;%ENV=~m,..$,,$&+42;e,$==f;$"++for+ab..an;@"=qw,u t,,print+chr;sub f{split}say"@{=} me"'
    - +2 replies
    - hawahe
      
      2010-06-06 15:07
      
      User since
      2010-06-06
      1 Artikel
      BenutzerIn
      
      ah.
      sehr schön
      vielen dank euch
      Last edited: 2010-06-06 15:13:23 +0200 (CEST)
      - renee
        
        2010-06-06 16:36
        
        User since
        2003-08-04
        14371 Artikel
        ModeratorIn
        
        Ich würde mir mal BioPerl anschauen. Damit kannst Du die Umwandlung ganz einfach machen:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
        
        use Bio::Perl; my $sequence = 'GCUGCCGGAGCAUGCGCG'; my %hash = ( A => 'Ala', C => 'Cys', G => 'Gly', ); my $amino_acids = translate_as_string( $sequence ); my $string = join ' ', map{ $hash{$_} }split //, $amino_acids; print $string;
        
        OTRS-Erweiterungen (http://feature-addons.de/)
        Frankfurt Perlmongers (http://frankfurt.pm/)
        --
        
        Unterlagen OTRS-Workshop 2012: http://otrs.perl-services.de/workshop.html
        Perl-Entwicklung: http://perl-services.de/

View all threads created 2010-06-06 13:49.