#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $inputfilename  = 'MeineEingabedatei.dat';
my $outputdir      = 'MeinAusgabeVerzeichnis';

open my $in, '<', $inputfilename or die "$inputfilename: $!\n";

$/ = '$$$$'; # Datensatztrenner

my $i = 0; # Zähler für Dateinamen auf Null initialisieren
while (my $block = <$in>) {
    chomp $block; # Datensatztrenner abschneiden

    # Ausgabedateinamen formatieren, dreistellige Zahl mit führenden Nullen
    my $outfilename = sprintf ("./%s/Molekuel%03d.sdf", $outputdir, $i);

    # Block in Datei schreiben
    open my $out, '>', $outfilename
        or die "Ausgabe in $outfilename nicht möglich: $!\n";
    print $out $block;
    # Das Schließen kann z.B. schief gehen, wenn zwischendurch die Platte vollläuft
    close $out or die "Schließen von Molekuel$i.sdf nicht möglich: $!\n";

    ++$i;
}
close $in;