Mojo::DOM ist ein Perl-Modul welches du aus dem CPAN nachinstallieren müsstest. Hinter dem Link in moritz Post verbirgt sich die Dokumentation, welche dir die Funktionsaufrufe, die dir das Verständnis des Programms wahrscheinlich momentan noch erschweren, erklären.

Grundsätzlich würde ich zu deinem Vorhaben noch anmerken wollen, dass das Löschen von Teilen einer Datei normalerweise nicht direkt in der Datei passiert. Die meisten Programme schreiben eine neue, veränderte Datei auf die Festplatte und bewegen diese neue Datei dann im Dateisystem an die Stelle der zu verändernden Datei. Das ist zum einen einfacher zu Programmieren und außerdem auch weniger Fehleranfällig.