Dein Problem wird sein, dass die Variablen in Shell genau wie in Perl mit $ geschrieben werden (jedenfalls die Skalare in Perl).

In Perl erlauben die "" die Interpolation von Variablen; also versucht Perl, alle Variablen $foobar durch ihren Inhalt zu ersetzen.

Bei $tmpdir mag das noch erwünscht sein; aber bei $i hab ich da meine Zweifel, weil das die Laufvariable der Shell-for-Schleife sein sollte (und was ist mit $user?).
Du solltest jene $, die nicht von Perl beachtet werden sollen, mit Backslashes maskieren: \$.