Schwarzsche Transformation oder wie sortiere ich Tabellen in Perl (gelöst) (Allgemeines zu Perl)

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Schwarzsche Transformation oder wie sortiere ich Tabellen in Perl [gelöst]

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Ramona2012

2012-05-03 15:38
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2012-05-03
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BenutzerIn
Hallo,
ich arbeite mich seit drei Wochen in Perl ein und stehe jetzt vor folgendem Problem:
ich habe einen Array, bei welchem jedes Element die Form
>locus 2 transcript 3/12 confidence 2.000 length 238
hat.
ich möchte nun aus diese "Liste" ordnen. Meine Idee war zunächst die Arrayelemente tab-separiert zu splitten und dann zu sortieren, meine bemühungen sind jedoch gescheitert. geordnet werden soll nach locus [2], länge [8], dann nach confidence [6].
ich bin auf die Schwarzsche-Transformation gestoßen und erhalte jedoch immer wieder folgenden Fehler:
Use of uninitialized value in numeric comparison (<=>) at Bach/Script/try.pl line 8.
mein Script sieht folgender maßen aus:
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

#!/usr/bin/perl -w use strict; use vars qw( @a @b ); open (INFILE, "/idtab.txt") or die $!; my @array = <INFILE>; close (INFILE); my @sorted = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b[1] or $b->[2] <=> $a[2] or $a->[3] <=> $b[3] } map {[$_,(split(/\t/,$_))[2,8,6]] } @array; print @sorted;
kann mir jemand sagen, was ich falsch mache oder wie ich mein Problem lösen kann?
vielen dank im voraus!
ramona

modedit Editiert von pq: code-tags hinzugefügt
Last edited: 2012-05-03 15:47:56 +0200 (CEST)
- +7 replies
- Linuxer
  
  2012-05-03 15:47
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  2006-01-27
  3891 Artikel
  HausmeisterIn
  Du bist Dir schon bewusst, dass Array-Indizes normalerweise bei 0 anfangen zu zählen.
  Das zweite Element eines Array addressierst Du daher eigentlich mit $array[1].
  Analoges gilt für Listen (wie sie z.B. von split() geliefert werden).
  
  Code: (dl )
  
  1 2
  
  DATA: locus 2 transcript 3/12 confidence 2.000 length 238 INDEX: 0 1 2 3 4 5 6 7
  
  meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
  Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
  - +6 replies
  - Ramona2012
    
    2012-05-03 15:54
    
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    2012-05-03
    3 Artikel
    BenutzerIn
    
    Hi Linuxer,
    danke für deine schnelle Antwort!
    Ja dessen bin ich mir bewusst, ich bastle jetzt schon etwas länger an dem Script und habe alle möglichen Variationen ausprobiert um der Fehlermeldung zu entgehen ;-)
    die Variante 2,8,6 ist quasi ein Erzeugnis davon. wenn ich es wie es in Perl korrekt wäre auf 1,7,5 anpasse erhalte ich exakt die selbe Fehlermeldung.
    Hast du noch eine Idee woran es liegen kann oder wie ich effektiv testen kann wo es hackt?! Ist das Script denn ansonsten was die Transformation angeht in Ordnung?
    Last edited: 2012-05-03 15:55:45 +0200 (CEST)
    - +5 replies
    - Linuxer
      
      2012-05-03 16:08
      
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      2006-01-27
      3891 Artikel
      HausmeisterIn
      
      ~~Ich würde innerhalb des sort kein or verwenden, sondern || (doppelte Pipe).~~
      edit: nach pqs Nachfrage und Nachschauen ist das eher ein Hinweis auf Basis persönlicher Gewöhnung gewesen.:edit
      
      Hier mal mein Testbeispiel, mit dem es bei mir funktioniert.
      Ist unter Umständen die Datenbasis nicht 100% sauber?
      Sind evtl. nicht alle Spalten definiert/vorhanden?
      
      Code (perl): (dl )
      
      1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
      
      #! /usr/bin/perl use strict; use warnings; my @sorted = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] || $a->[3] <=> $b->[3] || $a->[2] <=> $b->[2] } map { [ $_, (split /\s+/, $_)[1,5,7] ] } <DATA>; # Kontrollausgabe use Data::Dumper; print Dumper \@sorted; __DATA__ locus 1 transcript 3/12 confidence 11.000 length 238 locus 2 transcript 3/12 confidence 12.000 length 238 locus 5 transcript 3/12 confidence 15.000 length 238 locus 3 transcript 3/12 confidence 13.000 length 238 locus 6 transcript 3/12 confidence 16.000 length 238 locus 4 transcript 3/12 confidence 14.000 length 238 locus 1 transcript 3/12 confidence 14.000 length 138
      
      Last edited: 2012-05-03 16:42:27 +0200 (CEST)
      meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
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      - Linuxer
        
        2012-05-03 16:13
        
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        2006-01-27
        3891 Artikel
        HausmeisterIn
        
        Und hier eine Variante, die berücksichtigt, falls von den gewünschten Datenfeldern keine definierten Werte ankommen.
        
        Code: (dl )
        
        map { defined $_ ? $_ : 0 } (split /\s+/, $_)[1,5,7]
        
        Das prüft, ob die ausgewählten Felder definiert sind; wenn nicht, wird statt "undef" eine 0 verwendet.
        
        Code (perl): (dl )
        
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        #! /usr/bin/perl use strict; use warnings; my @sorted = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] || $a->[2] <=> $b->[2] || $a->[3] <=> $b->[3] } map { [ $_, map { defined $_ ? $_ : 0 } (split /\s+/, $_)[1,5,7] ] } <DATA>; use Data::Dumper; print Dumper \@sorted; __DATA__ locus 1 transcript 3/12 confidence 11.000 length 238 locus 2 transcript 3/12 confidence 12.000 length 238 locus 5 transcript 3/12 confidence 15.000 length 238 locus 3 transcript 3/12 confidence 13.000 length 238 locus 6 transcript 3/12 confidence 16.000 length 238 locus 4 transcript 3/12 confidence 14.000 length locus 1 transcript 3/12 confidence 11.000 length 138
        
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      - +3 replies
      - pq
        
        2012-05-03 16:16
        
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        2003-08-04
        12209 Artikel
        Admin1
        
        2012-05-03T14:08:00 Linuxer
        Ich würde innerhalb des sort kein or verwenden, sondern || (doppelte Pipe).
        
        grund? ich z.b. verwende or/and gerne innerhalb von sort.
        Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
        lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
        
        +2 replies
        
        Linuxer
        
        2012-05-03 16:26
        
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        2006-01-27
        3891 Artikel
        HausmeisterIn
        
        Gewöhnung und Unkenntnis der Präzedenz (immer noch nicht auswendig gelernt) ;)
        
        Bei Operationen versuche ich mich an || und && zu halten.
        Bei logischen Entscheiden wie open ... or die ... nehme ich dann or oder eben and.
        Hatte ich irgendwo mal gelesen und fand diesen Gedanken sehr gut.
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        Ramona2012
        
        2012-05-04 09:53
        
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        2012-05-03
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        BenutzerIn
        
        es funktioniert endlich! :-D
        vielen tausend dank für die hilfe!

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