Auch für den Fall, dass meine Antwort sinnleer ausfällt...
Ich kenne das beschriebene Tool nicht, wie es jedoch aussieht, ist es GUI-basiert mit C# entwickelt. Auch wenn die Tan-Abfrage per Konsole geschieht, nehme ich mal an, dass diese von der GUI kurzzeitig gestartet wird. In dem Fall hast Du keine Einstiegsmöglichkeit mittels Pipes o.ä. ([outing] geht sowas bei Windows überhaupt?[ /outing]). Selbst wenn sich die Konsole einzeln starten lässt, müsste das Tool ja dafür ausgelegt sein, Eingaben aus dem Standardeingabekanal zu empfangen.
Sollte das ganze Tool jedoch als COM-Server ausgelegt sein, wäre sicherlich Win32::OLE Dein Freund.