ich hab nen query string: ?msg=1&msg=2&msg=3

dieser string wird so generiert:
<input type="checkbox" name="msg" value="1">
<input type="checkbox" name="msg" value="2">
<input type="checkbox" name="msg" value="3">

wenn ich im script die eingabe mit param('msg') in empfang nehme, dann enthält diese nur den letzten wert, also: 3.

was für eine möglichkeit bietet sich denn da an sowas umzusetzen?

Laut CGI geht das:

Multi-Parameter könne wie von GwenDragon beschrieben abgefragt werden.
Siehe auch perldoc CGI (deutsch :)) dazu.
Ich habe das gestern gerade erst in einem CGI verwendet. Wenn iich den Wert skalar anfordere bekomme ich allerdings den ersten und nicht den letzten wie bei dir geliefert.