Ich kenn mich zwar auch nicht mit SpeedyCGI aus, Dein Problem kenne ich aber aus den manpages von mod_perl, wo genau dies als 'Feature' beschrieben wurde, da halt Deine Skripte persistent im Speicher bleiben. Ich gehe einfach mal davon aus, das dies unter SpeedyCGI genauso gilt. Wenn Du mod_perl noch installiert hast, schau mal unter perldoc mod_perl_traps, da stehen diese Seiteneffekte beschrieben. Übrigens schließe ich mich JW's Meinung an, und lege Dir mod_perl ans Herz. Damit kannst Du auch schrittweise Dein Script umstellen (zuerst unter Verwendung mit Apache::Registry, dann zu Apache::PerlRun oder Apache::PerlRunXS und schließlich als reine mod_perl-Anwendung.). Es gibt genug Info's, was unter Verwendung der der genannten Module zu beachten ist, in den manpages.
Derjenige, der zwei Hasen jagt, lässt einen zurück und verliert den anderen.