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[thread]7953[/thread]

failed to load module: Failed to load module Bio::SearchIO



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paidopoieo
 2006-05-08 22:16
#65757 #65757
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hi leute,
bekomme folgende Fehlermeldung, wenn ich ein perl script auf command line ausfuehre:

Code: (dl )
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------------- EXCEPTION  -------------
MSG: Failed to load module Bio::SearchIO::blast. Can't locate Bio/SearchIO/blast .pm in @INC (@INC contains: /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i386-linux-thread-mul ti /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.7/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_pe rl/5.8.6/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.5/i386-linux-threa d-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.4/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/si te_perl/5.8.3/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/pe rl5/site_perl/5.8.7 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.6 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8. 5 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.4 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3 /usr/lib/perl5/s ite_perl /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5 /vendor_perl/5.8.7/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6/i386 -linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.5/i386-linux-thread-multi /us r/lib/perl5/vendor_perl/5.8.4/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl /5.8.3/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/v endor_perl/5.8.7 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8 .5 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.4 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.3 /usr/lib/pe rl5/vendor_perl /usr/lib/perl5/5.8.8/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8. 8 .) at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Root/Root.pm line 396.

STACK Bio::Root::Root::_load_module /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Root/Root .pm:398
STACK (eval) /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/SearchIO.pm:404
STACK Bio::SearchIO::_load_format_module /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Sear chIO.pm:403
STACK Bio::SearchIO::new /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/SearchIO.pm:183
STACK toplevel Blast.pl:50


wenn ich perl -V ausfuehre, dann:

Code: (dl )
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[Hubert@ppc9 ~]$ perl -V
Summary of my perl5 (revision 5 version 8 subversion 8) configuration:
  Platform:
    osname=linux, osvers=2.6.9-22.18.bz155725.elsmp, archname=i386-linux-thread-multi
    uname='linux hs20-bc1-6.build.redhat.com 2.6.9-22.18.bz155725.elsmp #1 smp thu nov 17 15:34:08 est 2005 i686 i686 i386 gnulinux '
    config_args='-des -Doptimize=-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -Dversion=5.8.8 -Dmyhostname=localhost -Dperladmin=root@localhost -Dcc=gcc -Dcf_by=Red Hat, Inc. -Dinstallprefix=/usr -Dprefix=/usr -Darchname=i386-linux -Dvendorprefix=/usr -Dsiteprefix=/usr -Duseshrplib -Dusethreads -Duseithreads -Duselargefiles -Dd_dosuid -Dd_semctl_semun -Di_db -Ui_ndbm -Di_gdbm -Di_shadow -Di_syslog -Dman3ext=3pm -Duseperlio -Dinstallusrbinperl=n -Ubincompat5005 -Uversiononly -Dpager=/usr/bin/less -isr -Dd_gethostent_r_proto -Ud_endhostent_r_proto -Ud_sethostent_r_proto -Ud_endprotoent_r_proto -Ud_setprotoent_r_proto -Ud_endservent_r_proto -Ud_setservent_r_proto -Dinc_version_list=5.8.7 5.8.6 5.8.5 5.8.4 5.8.3 -Dscriptdir=/usr/bin'
    hint=recommended, useposix=true, d_sigaction=define
    usethreads=define use5005threads=undef useithreads=define usemultiplicity=define
    useperlio=define d_sfio=undef uselargefiles=define usesocks=undef
    use64bitint=undef use64bitall=undef uselongdouble=undef
    usemymalloc=n, bincompat5005=undef
  Compiler:
    cc='gcc', ccflags ='-D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm',
    optimize='-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables',
    cppflags='-D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -fno-strict-aliasing -pipe -Wdeclaration-after-statement -I/usr/local/include -I/usr/include/gdbm'
    ccversion='', gccversion='4.1.0 20060228 (Red Hat 4.1.0-1)', gccosandvers=''    intsize=4, longsize=4, ptrsize=4, doublesize=8, byteorder=1234
    d_longlong=define, longlongsize=8, d_longdbl=define, longdblsize=12
    ivtype='long', ivsize=4, nvtype='double', nvsize=8, Off_t='off_t', lseeksize=8
    alignbytes=4, prototype=define
  Linker and Libraries:
    ld='gcc', ldflags =' -L/usr/local/lib'
    libpth=/usr/local/lib /lib /usr/lib
    libs=-lresolv -lnsl -lgdbm -ldb -ldl -lm -lcrypt -lutil -lpthread -lc
    perllibs=-lresolv -lnsl -ldl -lm -lcrypt -lutil -lpthread -lc
    libc=/lib/libc-2.3.90.so, so=so, useshrplib=true, libperl=libperl.so
    gnulibc_version='2.3.90'
  Dynamic Linking:
    dlsrc=dl_dlopen.xs, dlext=so, d_dlsymun=undef, ccdlflags='-Wl,-E -Wl,-rpath,/usr/lib/perl5/5.8.8/i386-linux-thread-multi/CORE'
    cccdlflags='-fPIC', lddlflags='-shared -L/usr/local/lib'


Characteristics of this binary (from libperl):
  Compile-time options: MULTIPLICITY PERL_IMPLICIT_CONTEXT
                        PERL_MALLOC_WRAP USE_ITHREADS USE_LARGE_FILES
                        USE_PERLIO USE_REENTRANT_API
  Built under linux
  Compiled at Mar  1 2006 18:29:53
  @INC:
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.7/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.6/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.5/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.4/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.7
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.6
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.5
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.4
    /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3
    /usr/lib/perl5/site_perl
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.7/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.5/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.4/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.3/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.7
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.5
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.4
    /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.3
    /usr/lib/perl5/vendor_perl
    /usr/lib/perl5/5.8.8/i386-linux-thread-multi
    /usr/lib/perl5/5.8.8
    .
[Hubert@ppc9 ~]$


ich weiss, ich hab da ein ziemliches durcheinander....
hab auch schon probiert den pfad explizit im skript anzugeben, hat aber auch nichts geholfen....

Code: (dl )
use lib qw(/usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi);
GwenDragon
 2006-05-08 22:40
#65758 #65758
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Admin1
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1. Warum so viele Perl-Installationen?
2. Anscheinend ist CPAN:BioPerl nicht (richtig) installiert.\n\n

<!--EDIT|GwenDragon|1147113702-->
die Drachin, Gwendolyn

Unterschiedliche Perl-Versionen auf Windows (fast wie perlbrew) • Meine Perl-Artikel
paidopoieo
 2006-05-08 22:54
#65759 #65759
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hi,
hab das problem geloest, bioperl war richtig installiert...aber ich hab den pfad falsch gesetzt...sorry...

ja gute frage, keine ahnung wo die herkommen, hab upgraded von FC4 to FC5...was nebenbei ein sehr sehr grosser Fehler war...."never change a running system" und ploetzlich hatte ich ein paar mehr..... ;)
will sie aber nicht deinstallieren, wer weiss was dann wieder nicht funktioniert... ;)
GwenDragon
 2006-05-08 22:58
#65760 #65760
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Admin1
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Du siehst doch aber, das Perl in allen Verzeichnissen Module sucht. Das gibt dann auch Probleme, wenn ältere Module nicht mehr zu neueren Perl passen.
Na ja. Viel Glück.
die Drachin, Gwendolyn

Unterschiedliche Perl-Versionen auf Windows (fast wie perlbrew) • Meine Perl-Artikel
paidopoieo
 2006-05-08 23:34
#65761 #65761
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danke, aber ich will nichts aenderen, solange es jetzt funktioniert.....
ptk
 2006-05-09 00:41
#65762 #65762
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[quote=GwenDragon,08.05.2006, 20:58]Du siehst doch aber, das Perl in allen Verzeichnissen Module sucht. Das gibt dann auch Probleme, wenn ältere Module nicht mehr zu neueren Perl passen.
Na ja. Viel Glück.[/quote]
Das ist Absicht und kann beim Bauen von Perl voreingestellt werden (oder ist es normalerweise schon).
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