Hm, versuch mal, die Engine direkt beim CREATE TABLE mit einzubauen oder zumindest vor den Anweisungen für deine Foreign Keys anzugeben. Default-Engine ist normal MyISAM und da werden die Foreign-Key-Anweisungen einfach weggeworfen, wenn ich das noch richtig im Kopf habe.

Daneben kann man normal die Foreign Keys gleich im CREATE TABLE mit unterbringen. Das musst du nicht separat via ALTER TABLE machen.