Kleines Zitat aus der MySQL-Doku:

Quote

For storage engines other than InnoDB, MySQL Server parses the FOREIGN KEY syntax in CREATE TABLE statements, but does not use or store it.

Ich verstehe das so, dass, wenn die Tabelle nicht schon beim Einfügen der Foreign Keys mit der InnoDB-Engine läuft, MySQL die Foreign Keys zwar einliest, aber einfach verwirft. Deshalb leg die Tabellen mal gleich als InnoDB-Tabellen an.