Problem ist gelöst, lag daran dass dos2unix ein rename macht....die temporäre Datei legt er im Home von root ab und die zu konvertierende liegt in einem anderen Verzeichnis, was sich auf einer anderen Partition befindet.
Da hat das rename einfach nicht funktioniert, da es zwei verschiedene Partitionen sind.

Danke für die Hilfe...der Hinweis mit dem alternativen Aufruf hat mir weitergeholfen.