open (HANDLE, "< nTM.txt");
while(<HANDLE>) 
{
        my @motives = 
        (
                qr(G[A-Z]{2}G),
                qr(O[A-Z]{1}O),
                qr(P[A-Z]{2}G)
        );
        my %gefunden;
        my $zeilennr;
                while (my $line = <HANDLE>) 
                {
                        $zeilennr++;
                        for my $re (@motives) 
                        {
                                push @{$gefunden{$re}},$zeilennr if $line =~ $re;
                        } 
                }
                while (my ($k,$v) = each %gefunden) 
                {
                        print "$k: ", join(",",@$v),"\n";
                }
}
Jetzt wollte ich das <HANDLE> zur Probe einbauen, aber ich mach mit dem Einlesen der Zeilen wohl einen Fehler...Die Zeilennummer ist stets 1.