system(1, ...) ist ziemlich genau das, was in der C-Bibliothek spawn heißt und was ich meinte, was Du Dir statt fork mal überlegen solltest, denn das erzeugt wirklich unabhängige Prozesse.

Einen eigenen Prozess neben dem Webserver zu starten ist natürlich auch möglich, aber das macht man dann eher mit irgendwelchen Serviceverwaltungswerkzeugen als aus Perl heraus.

In beiden Fällen musst Du für die Kommunikation zwischen Deinen CGI-Prozessen und dem separaten "Chatserver"¹ Verbindungen über Sockets, gemeinsam genutzte Dateien oder irgendein anderes Mittel der Interprozesskommunikation aufbauen.


¹ auch wenn Du keinen Chat implementierst, so ist die Anforderung einfach extrem ähnlich, also nenne ich es mal so.