system() in Perl mit multiplen Argumenten - #185336 (Allgemeines zu Perl)

Linuxer

2016-09-05 19:04

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HausmeisterIn

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Wie von einigen bereits angemerkt, funktioniert das nicht so wie gewünscht.

Bei my @mafft = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "$file.fasta > infile"); wird das letzte Argument, das die Ausgabeumleitung für die Shell enthält, als ein Argument an das Kommando "mafft" geliefert. Aufgrund der Argumentliste wird keine Shell gestartet, die die Ausgabeumleitung umsetzen könnte.

Als Alternative zu den genannten Ansätzen:

Wenn das Programm nur mit Kommandozeilenargumenten aufgerufen werden muss, könnte man die Ausgabeumleitung in Perl umsetzen. Man öffnet die Ausgabedatei schreibend, und das Kommando öffnet man über eine lesende Pipe.
Dann liest man zeilenweise aus der Pipe und schreibt direkt wieder ins Handle der Ausgabedatei:

Schema (ungetestet):

Code (perl): (dl )

my $outfile = 'infile';

my @cmd = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "$file.fasta" );

open my $out_fh, '>', $outfile 
  or die "open($outfile, w) failed: $!";

open( my $pipe, '-|', @cmd ) 
  or die sprintf "Could not open pipe from '%s': $!", join( ' ', @cmd);

while ( my $line =<$pipe> ) {
  print $out_fh $line
    or die "Write to '$outfile' failed: $!";
}

close $pipe;

close $out_fh or die "close($outfile) failed: $!";

edit:
Oder man schaut sich CPAN:

IPC::Run3 an.
Last edited: 2016-09-05 19:06:17 +0200 (CEST)

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