system() in Perl mit multiplen Argumenten (Allgemeines zu Perl) - Perl-Community.de

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system() in Perl mit multiplen Argumenten

Tags: perl5 Ähnliche Threads

Leser: 18

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+16 replies
Gast LordK

2016-07-03 14:59
Hallo Zusammen,

ich bin jetzt seit geraumer Zeit dabei ein, wahrscheinlich sehr einfaches, Problem in Perl zu lösen..

Ansicht möchte ich nichts anderes, als das Programm "Mafft" über mein Perlskript zu starten. Hierzu wollte ich system() verwenden. Jedoch benötig mafft einige Angaben um "richtig" zu funktionieren.

Die von mir angefachte Lösung war folgende:
Code (perl): (dl )

1 2

my @test = ("mafft", "$file.fasta", "infile", "5", "1", "\n", "y", "q"); system(@test);
oder
Code (perl): (dl )

1 2

my @befehle = ("$file.fasta", "infile", "5", "1", "\n", "y", "q"); system("mafft", @befehle);
in beiden Fällen wird mir aber folgendes geliefert:
Code: (dl )

1 2 3 4 5 6 7 8 9

unknown option: Persicaria_ITS.fasta.fasta Unknown option: infile Unknown option: 5 Unknown option: 1 Unknown option: Unknown option: y /usr/local/bin/mafft: Cannot open q.
Wenn ich:
Code (perl): (dl )

system("mafft", "$file.fasta");
verwende, wird die richtige Datei in Mafft eingelesen, jedoch nur mit den Standard Optionen und nicht denen, die ich benötige...

Jetzt habe ich durch unseren Freund Google gelesen, dass man anscheinend die Befehle in das Programm "Pipen" kann... jedoch versteh ich den Vorgang nicht.

Eventuell kann mir das jemand anhand meines Beispiels erklären oder hat eine andere Lösung parat?

Viele Dank schon einmal im Voraus :-)
Last edited: 2016-07-03 18:30:45 +0200 (CEST)
- GwenDragon
  
  2016-07-03 18:10
  
  User since
  2005-01-17
  14533 Artikel
  Admin1
  
  Bitte das nächste Mal Code und Ausgaben in BBCode-Tags siehe /bat/poard/markup_help/
  
  Zu deinem Problem.
  Ich tippe darauf, dass du die Parameter falsch übergibst.
  Ich kenne das Programm mafft nicht.
  Ich habe nicht Bioinformatik studiert und ich kenen das Manual von mafft nicht.
  Wenn du mir bitte etwas mehr Hintergrundinfo geben würdest (ich will mich nicht zu Tode suchen im WWW), könnt ich dir weiter helfen.
  Last edited: 2016-07-03 18:30:02 +0200 (CEST)
  die Drachin, Gwendolyn
  
  Unterschiedliche Perl-Versionen auf Windows (fast wie perlbrew) • Meine Perl-Artikel
- +3 replies
- hlubenow
  
  2016-07-03 19:39
  User since
  2009-02-22
  875 Artikel
  BenutzerIn
  Ich würd' halt gucken, welcher String bei system() ankommt.
  Weiß' nicht, ob man auch ein Array übergeben kann, aber ich würde lieber einen String übergeben und den vorher genau im einzelnen zusammenbauen.
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3
  
  my $execstr = "mafft $file.fasta infile 5 1"; print "$execstr\n"; # system($execstr);
  
  Aber ich seh' schon, mit "\n", "y", "q" willst Du wohl Eingaben nach Programmstart übergeben, oder?
  Dafür würde man wahrscheinlich IPC::Open2 verwenden.
  Last edited: 2016-07-03 19:59:31 +0200 (CEST)
  - Raubtier
    
    2016-07-03 20:47
    User since
    2012-05-04
    1054 Artikel
    BenutzerIn
    
    2016-07-03T17:39:50 hlubenow
    Weiß' nicht, ob man auch ein Array übergeben kann, aber ich würde lieber einen String übergeben und den vorher genau im einzelnen zusammenbauen.
    
    Code (perl): (dl )
    
    1 2 3
    
    my $execstr = "mafft $file.fasta infile 5 1"; print "$execstr\n"; # system($execstr);
    
    Dem würde ich entschieden widersprechen. Warum soll man sich die Probleme mit dem Quoting einhandeln, wenn man die alle mit der ursprünglichen Aufruf system("mafft", @befehle); nicht hat? Auch da kannst du einfach mal das Array @befehle schnell ausgeben.
    
    Wenn die uralte mafft-Doku, die ich eben mal ergooglet habe, noch richtig ist, dann lautet der Aufruf "mafft [optionen] infile" wobei optionen eigentlich alle mit -- anfangen. Außerdem bin ich über ein Kommandozeilenargument "\n" sehr verwundert, kenne eigentlich kein Programm, das sowas braucht.
  - Linuxer
    
    2016-07-03 21:12
    
    User since
    2006-01-27
    3870 Artikel
    HausmeisterIn
    
    Wie der Dokumentation zu entnehmen ist, nimmt perlfunc system eine Argumentliste an.
    
    Wenn die Liste mehr als ein Argument hat, wird das erste Listenelement als Programm aufgerufen und bekommt die weiteren Elemente als Argumente übergeben.
    
    Wenn die Liste nur ein Element hat, wird dieses auf Shell-Sonderzeichen untersucht und wenn es davon welche gibt, an eine Shell zur Interpolation übergeben, Wenn keine Sonderzeichen gefunden wurden, wird der String gesplittet und dann die resultierende Liste verarbeitet.
    
    Mehr Details sind bitte der perldoc direkt zu entnehmen.
    
    Ich würde ebenso die Shell-Interpolation vermeiden und nach Möglichkeit immer das Kommando mit seinen Argumenten als Array aufbauen und dieses übergeben.
    
    Ansonsten schauen mir die von Dir genannten Argumente ebenfalls seltsam aus und die Vermutung liegt wirklich nahe, dass da interaktive Eingabe versucht wird. Das wird so direkt nicht funktionieren. Da ist der Tipp für IPC::Open2 schon gut.
    meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
    Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
- +10 replies
- betterworld
  
  2016-07-04 08:55
  
  User since
  2003-08-21
  2613 Artikel
  ModeratorIn
  
  Ich nehme an, dass du es in der Shell schonmal hingekriegt hast.
  Also zeig uns mal, wie du "mafft" in der Shell ausführen würdest (C&P den Terminal-Inhalt), und dann können wir dir sagen, wie du das in Perl machen kannst.
  Lieblingsmodule: IPC::System::Simple, Path::Class
  - +9 replies
  - Gast LordK
    
    2016-09-04 13:34
    Noch einmal "Hallo Zusammen",
    
    danke für die Zahlreichen Antworten.
    
    Und natürlich habt ihr recht, man muss die Shellkomandos übergeben... mein Fehler!
    
    Also sieht das ganze momentan so aus:
    
    Code (perl): (dl )
    
    1 2
    
    my @mafft = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "$file.fasta > infile"); system(@mafft) == 0 or die "system @mafft failed: $?";
    
    Leider funktioniert das ganze immer noch nicht...
    
    In der Shell wird mafft wir folgt ausgeführt:
    
    Code: (dl )
    
    mafft --auto --phylipout --reorder file.fasta > infile
    
    Eventuell findet ihr ja den Fehler! Danke schon einmal!
    Last edited: 2016-09-04 13:58:33 +0200 (CEST)
    - +7 replies
    - hlubenow
      
      2016-09-04 14:44
      
      User since
      2009-02-22
      875 Artikel
      BenutzerIn
      
      Guest LordK
      
      Code: (dl )
      
      mafft ... > infile
      
      Das überschreibt Dein infile. Ist es das, was Du willst? Oder soll mafft nicht eher aus dem infile lesen? Dann müßte es "... < infile" heißen.
      - +5 replies
      - Gast LordK
        
        2016-09-04 16:44
        
        entschuldige, das verwirrt wahrscheinlich etwas...
        
        Es soll ein File enstehen das "infile" heißt, weil das nächste Programm, dass ich verwenden möchte ein file benötgt, das "infile" heißt.
        
        Wenn man das allgemein fassen möchte heißt es wie folgt:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2
        
        my @mafft = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "infile > outfile"); system(@mafft) == 0 or die "system @mafft failed: $?";
        
        Ich hoffe, so ist es verständlicher :-)
        Last edited: 2016-09-04 17:17:03 +0200 (CEST)
        
        +3 replies
        
        hlubenow
        
        2016-09-04 17:40
        
        User since
        2009-02-22
        875 Artikel
        BenutzerIn
        
        Gut. Und was spricht gegen meinen Vorschlag oben:
        
        Code (perl): (dl )
        
        system("mafft --auto --phylipout --reorder file.fasta > infile");
        
        +2 replies
        
        betterworld
        
        2016-09-04 19:39
        
        User since
        2003-08-21
        2613 Artikel
        ModeratorIn
        
        So würde ich es wahrscheinlich auch machen. Dabei wird die Shell benutzt. Grundsätzlich bin ich ja ein Gegner davon, für einfache Programmaufrufe eine Shell zu starten, weil das Escaping fürchterlich werden kann. Aber in diesem Fall scheinen alle Argumente einfache Strings zu sein (daher kein Escaping nötig) und in diesem Fall braucht man halt die Umleitung, die in Perl leider sonst nicht so einfach möglich ist.
        
        Ich habe ja schon öfter das subprocess-Modul von Python gelobt, und das muss ich wohl an dieser Stelle auch wieder tun:
        
        Code: (dl )
        
        1 2
        
        with open('/tmp/outfile', 'w') as f: subprocess.check_call(['command', 'arg1', 'arg2'], stdout=f)
        
        Das Modul ist auch noch nicht ewig im Core, aber immerhin haben die bei Python irgendwann erkannt, dass man so etwas sauber und ohne Shell mit der Standard-API tun können muss. Das sollte bei Perl auch mal erkannt werden. (Ganz zu schweigen davon, dass man bei "subprocess" auch vernünftige Fehlermeldungen kriegt, wenn der Befehl nicht gefunden wird oder wenn der Kindprozess gekillt wird.)
        Last edited: 2016-09-04 19:43:25 +0200 (CEST)
        Lieblingsmodule: IPC::System::Simple, Path::Class
        
        Linuxer
        
        2016-09-05 19:08
        
        User since
        2006-01-27
        3870 Artikel
        HausmeisterIn
        
        Habe keinen Vergleich und mich auch nicht tiefer eingelesen.
        
        Perl hat IPC::Run3. Ich habe mich nicht tiefer damit auseinander gesetzt; noch weniger mit Python.
        Von daher kann ich nicht beurteilen, ob es ein gleichwertiges Modul zu Pythons subprocess ist.
        
        edit: IPC::Run3 ist leider nicht im Core, müsste also nachinstalliert werden.
        Last edited: 2016-09-05 19:11:12 +0200 (CEST)
        meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
        Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
        
        bianca
        
        2016-09-04 17:42
        
        User since
        2009-09-13
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        BenutzerIn
        
        Was genau heißt denn "funktioniert nicht"?
        10 print "Hallo"
        20 goto 10
      - Gast wer
        
        2016-09-04 18:10
        
        multi parameter system umgeht die shell. Alle shell kommandos funktionoieren also nicht. ">" wird nicht als shellkommando interpretiert. sondern ist teil des dateinamens. Benutze "open2" wenn du die daten lesen willst.
        Last edited: 2016-09-04 19:35:20 +0200 (CEST)
    - Linuxer
      
      2016-09-05 19:04
      
      User since
      2006-01-27
      3870 Artikel
      HausmeisterIn
      
      Wie von einigen bereits angemerkt, funktioniert das nicht so wie gewünscht.
      
      Bei my @mafft = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "$file.fasta > infile"); wird das letzte Argument, das die Ausgabeumleitung für die Shell enthält, als ein Argument an das Kommando "mafft" geliefert. Aufgrund der Argumentliste wird keine Shell gestartet, die die Ausgabeumleitung umsetzen könnte.
      
      Als Alternative zu den genannten Ansätzen:
      
      Wenn das Programm nur mit Kommandozeilenargumenten aufgerufen werden muss, könnte man die Ausgabeumleitung in Perl umsetzen. Man öffnet die Ausgabedatei schreibend, und das Kommando öffnet man über eine lesende Pipe.
      Dann liest man zeilenweise aus der Pipe und schreibt direkt wieder ins Handle der Ausgabedatei:
      
      Schema (ungetestet):
      
      Code (perl): (dl )
      
      1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
      
      my $outfile = 'infile'; my @cmd = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "$file.fasta" ); open my $out_fh, '>', $outfile or die "open($outfile, w) failed: $!"; open( my $pipe, '-|', @cmd ) or die sprintf "Could not open pipe from '%s': $!", join( ' ', @cmd); while ( my $line =<$pipe> ) { print $out_fh $line or die "Write to '$outfile' failed: $!"; } close $pipe; close $out_fh or die "close($outfile) failed: $!";
      
      edit:
      Oder man schaut sich IPC::Run3 an.
      Last edited: 2016-09-05 19:06:17 +0200 (CEST)
      meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
      Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
- bianca
  
  2016-09-05 20:34
  
  User since
  2009-09-13
  6977 Artikel
  BenutzerIn
  
  Auf welchem OS soll das laufen?
  10 print "Hallo"
  20 goto 10

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