Kannst ja beide lassen. Aber dann musst du entweder im Shebang #!/usr/local/bin/perl schreiben oder die Module explizit für das Perl in /usr/bin installieren: .
Oder eins von den beiden Perls umbenennen. Ich habe auf meiner Maschine eine ganze Palette: perl5.00404, perl5.00503, perl5.6.0, perl5.8.0, perl5.8.1 usw.