Die Probleme der Windows-Registry ist nicht unbedingt die Umsetzung aber vielmehr die Leute die sie Benutzen. Wenn ihr euch mal die Windowsregistry anschaut werdet ihr leicht feststellen, dass nichts festzustellen ist. Sie ist unübersichtlich - es ist nicht klar welcher Wert welche Auswirkungen hat, manche halten sich nicht an die definitionen. Viele Softwareentwickler machen sich desshalb gar nicht erst die Mühe in der Registry etwas unterzubringen und schreiben es in eigene Configfiles.
Tatsache ist, dass die Registry für den Menschen praktisch unmöglich zu überblicken ist - und wenn er nicht ganz genau weiss wo er etwas ändern will hat er meist auch gar keine Chance den gewünschten Effekt zu erzielen.
Das ist nicht unbedingt ein Problem der implementation - kann man also nicht nur Microsoft vorwerfen. Vielmehr ist es einfach eine gute Idee, die sich im Nachhinein als Dreck entpuppt hat.
Ganz ehrlich - hat jemand von Euch jemals ernsthaft sein Programm in der Registry konfiguriert - ohne ein GUI vom Programm selber?