Ich versuche meine Idee mal anhand eines Beispieles zu verdeutlichen:
Man hat 2 Dateien.
Die eine hat 100 Zeilen, die andere nur 10.
Grundsätzlich finde ich es besser, wenn man immer nur soviel Platz für die Zeilennummerierung benutzt wie man braucht. Bei der ersten Datei wären dass 3 Zeichen Platz, bei der zweiten mit nur 10 Zeilen nur 2 Zeichen.
Man könnte es auch arrangieren dass man Dateiübergreifend die Datei mit der längsten Linienzahl als Maßstab annimmt. Allerdings würde das bei kleineren Scripten eher verwirren, da der benutzer dann annehmen könnte, dass kleinere Scripten auch in die - was weis ich - tausend Zeilen (z.B.) gehen würden.
Wenn es Leute haben möchten sollte man es als Option einstellen.

Habe ich dich richtig verstanden?