Du hattest oben auch alles in einer Zeile. Deswegen hatte ich ja geschrieben, dass Du zeigen sollst, wie der Output aussehen soll...
ersetze:
$string .= substr($_,$start-1,$stop-$start+1); durch $string .= substr($_,$start,$stop-$start+1)."\n";

und wie man in eine Datei schreibt, kannst Du in
perldoc -f open
perldoc -f close
perldoc -f print
nachlesen...