mal etwas code, schaden kanns ja nix.
....
if(/(www\.\S+)\s(\S+)\s([^\r]+)/){
$drei_length=length($3)-1;
$drei=substr($3,0,$drei_length);
$drei=~s/"/\\"/g;
print "HOSTNAME "."\""."$drei"."\""."\n"; #hier wird das richtige ausgegeben
......
print NEW_CFG_FILE "HOSTNAME "."\""."$drei"."\""."\n"; #hier das falsche geschrieben
.........

"richtig" wäre zb: ich bin \"grün\" hinter den ohren
"falsch": ich bin "grün" hinter den ohren