Opened by Gast at 2006-03-09 15:01
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2006-03-09
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also wie ich das mit dem output meinte. die matrix welche aufgebaut/ausgerechnet wird ist korrekt. dh der fehler liegt nur in einem bestimmt teil des programms.
in dem teil wird/soll vom höchstwert welcher in der matrix ermittelt wurde (hier die 7 unten links) 'rückwärts' der/die optimalen wege zu genau dieser 7 ermittelt werden. ich hatte mich erstmal dadrauf beschränkt nur einen weg zu ermitteln. aber genau dadrin ist der fehler denn ich nicht finde.
er gibt mir diesen weg aus:
AA|GC|GG|GA|-A|1CC|TT|TT|
das soll aber bei rauskommen
AA|GC|GG|CT|-A|1CC|TT|TT|
deswegen komme ich auch nicht weiter er macht mitten drin einen fehler und anschließen baut er denn alignment wieder richtig auf. habe mich bei meinen problem wohl etwas unklar ausgedrückt sry.
danke schon mal für eure hilfe :)
Code: (dl
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#### Optimale align ####
for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
$z=0;
for ($j=1;$j<=$y;$j++)
{
if ($Hochw eq $LM[$i][$j])
{
$Ugabe=$Hochw;
$q=$j;
$w=$i;
for ($k=0;$k<=10000;$k++)
{
$abbruch=0;
if ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q]-1)
{$qwe=$LM[$w-1][$q]-1;
$align[$z]="-$ySeq[$w-1]|"."1";
$Ugabe=$LM[$w-1][$q];
$z=$z+1;
$w=$w-1;
if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
}
else
{
$abbruch=1;
if (($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]+2) || ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]-1))
{$o=$o+1;
$align[$z]="$xSeq[$q-1]$ySeq[$w-1]|";
$Ugabe=$LM[$w-1][$q-1];
$z=$z+1;
$q=$q-1;
$w=$w-1;
if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
}else{}
}
if ($Ugabe eq $LM[$w][$q-1]-1)
{
$align[$z]="$xSeq[$q-1]-|"."2";
$Ugabe=$LM[$w][$q-1];
$z=$z+1;
$q=$q-1;
if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
}
else
{
if ($abbruch eq 1){}else{
if (($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]+2) || ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]-1))
{$o=$o+1;
$align[$z]="$xSeq[$w-1]$ySeq[$q-1]|";
$Ugabe=$LM[$w-1][$q-1];
$z=$z+1;
$q=$q-1;
$w=$w-1;
if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
}else{}}
}
}
}
else{}
}
}
@weiter=reverse(@align);
foreach $bla(@weiter)
{
print $bla;
}
in dem teil wird/soll vom höchstwert welcher in der matrix ermittelt wurde (hier die 7 unten links) 'rückwärts' der/die optimalen wege zu genau dieser 7 ermittelt werden. ich hatte mich erstmal dadrauf beschränkt nur einen weg zu ermitteln. aber genau dadrin ist der fehler denn ich nicht finde.
er gibt mir diesen weg aus:
AA|GC|GG|GA|-A|1CC|TT|TT|
das soll aber bei rauskommen
AA|GC|GG|CT|-A|1CC|TT|TT|
deswegen komme ich auch nicht weiter er macht mitten drin einen fehler und anschließen baut er denn alignment wieder richtig auf. habe mich bei meinen problem wohl etwas unklar ausgedrückt sry.
danke schon mal für eure hilfe :)