@xSeq=("A","A","G","G","C","C","T","T");
@ySeq=("A","C","G","T","A","C","T","T");

$LM[0][0]=0;
$x=@xSeq;
$y=@ySeq;

#### x-Achse mit 0 füllen ####
for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
$LM[$i][0]=0;
}

#### y-Achse mit 0 füllen ####
for ($j=1;$j<=$y;$j++)
{
$LM[0][$j]=0;
print $LM[0][$j];
}


print "\n";

for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
print $ySeq[$i-1]."0";
#### wert ermitteln ####
    for ($j=1;$j<=$y;$j++)
    {
    $a=$j-1;
    $s=$i-1;
    if ($xSeq[$a] eq $ySeq[$s])
        {
        $tauscher[0]=$LM[$i-1][$j-1]+2;
        }
        else
        {
        $tauscher[0]=$LM[$i-1][$j-1]-1;
        }
    $tauscher[1]=$LM[$i-1][$j]-1;
    $tauscher[2]=$LM[$i][$j-1]-1;
    $tauscher[3]=-1000;

#### höchsten wert ermitteln ####
    for ($v=0;$v<3;$v++)
    {
        if ($tauscher[$v] > $tauscher[$v+1])
        {
        $tauscher[$v+1]=$tauscher[$v]
        }
        else{}
    }

#### wert einsetzen ####
    if ($tauscher[$v] > 0)
    {
    $LM[$i][$j]=$tauscher[$v];
    }
    else
    {
    $LM[$i][$j]=0
    }

    print $LM[$i][$j];
    }
print "\n";
}

$x = @xSeq = qw (A A G G C C T T);
$y = @ySeq = qw (A C G T A C T T);

$LM[$_][0] = 0 for 0..$x; #### x-Achse mit 0 füllen ####
$LM[0][$_] = 0 for 0..$y; #### y-Achse mit 0 füllen ####

for my $i (1..$x) {
    #### wert ermitteln ####
    for my $j (1..$y) {
        if ($xSeq[$j-1] eq $ySeq[$i-1]) { $tauscher = $LM[$i-1][$j-1] + 2 }
        else                            { $tauscher = $LM[$i-1][$j-1] - 1 }
        #### höchsten wert ermitteln ####
        for ($LM[$i-1][$j]-1, $LM[$i][$j-1]-1, 0) {
            $tauscher = $_ if $_ > $tauscher
        }
        $LM[$i][$j] = $tauscher;
    }
}