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Man schreibt dann nicht mehr normalen Perl-Code sondern eine HTML-Datei in die man dann mit hilfe von bestimmten Zeichenfolgen Teile eines Perl-Skriptes einbindet oder habe ich die Dokumentationen falsch verstanden?

Jein, es gibt Template-Systeme wie HTML::Template, das die Ausgabe und Logik voneinander trennen. D. h., du wirst keine einzige Zeile Perlcode in HTML::Template finden, dafür aber jede Menge spezielle Tags, die vom Template-Parser die entsprechenden Perlroutinen aufrufen.
Dann gibt es Templatesysteme wie HTML::Mason oder Embperl, wo man in speziellen HTML-Tags Perlcode einstreuen kann. Damit ist Ausgabe und Logik in einem Dokument drin.
Was nun vorteilhafter ist, und was nicht, muss jeder für sich selbst entscheiden. Vorteile von Templatesystemen wie HTML::Template ist, das auch Nicht-Programmierer HTML-Templates erstellen, und ein Programmierer die dazugehörigen Routinen schreiben kann. Allerdings ist damit meist viel mehr Aufwand verbunden, da man die komplette Logik selber programmieren muss.
HTML::Mason und Embperl hingegen nehmen einen viel dieser Logik ab, da sie spezielle Objekte, Variablen etc. bereitstellen, die man als Programmierer verwenden kann. Man muss sich zum Beispiel nicht mehr ausführlich um die Parameterauswertung aus Formularen kümmern usw. Der Nachteil ist allerdings, das ein Nicht-Programmierer die Templates nicht mehr so einfach bearbeiten kann.
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