also, damit du ein programm ansprechen kannst, musst du auf jeden fall irgend eine art von schnittstelle (API) haben.
bei unix/linux komandozeilenprogrammen ist das z.B. gar kein problem. da kann man z.B. mit ner pipe öffnen

das würde z.B. das programm gzip dazu veranlassen, alles, was du an das filehandle GZIP schickst zu packen und in die datei test.gz zu schreiben.
im prinzip gibt es auch noch IPC(=InterProcessCommunication). hab ich aber noch nicht benutzt, ausserdem muss das das andere programm auch "wollen".
programme verzusteuern oder interfaces zu basteln, vor allen dingen wenn es GUI programme sind, ist aber auch meistens nicht nötig. ich würde zuerst schauen, ob es ein perl modul gibt, mit dem man das problem lösen kann.
für icq schau mal hier http://search.cpan.org/search?query=icq&mode=all. und auch sonst sollte hier <a href="search.cpan.org" target="_blank">search.cpan.org</a> die erste addresse sein.