Also das mit dem Konvertieren weis ich nicht genau.
PowerQuest Partition Magic kann mit NTFS, FAT* recht gut umgehen (Größe verändern).
Warum Installierst du nicht auf deiner ersten Platter Linux (Linux kann auch FAT lesen und schreiben) sicherst dann die Daten auf die erste Platte und konvertierst sie dann um. Dann kann die evtl. Datenverlust auf der zweiten Platte recht egal sein.

Gruß alex