Wieso? Jedes sinnvolle FTP-Client wandelt das richtig zum Zielsystem um.
Zudem ist Mac OSX auch ein Linuxderivat.

Wenn du allerdings eine Mac-Textdatei irgendwo von einer Webseite herunter lädst und dann auf einem Windowssystem auf Linux hochlädtst, dann gibt es garantiert Probleme, weil der Quelltext ja nicht Win ist.