Ich hab auch eine größere Sache in Modulen gemacht und komme hervorragend klar.
Was ich allerdings am Anfang falsch gemacht habe war, dass ich dachte, die jeweiligen Module geben immer nur das ans Masterscript zurück, was dann an den Browser soll.
Im Nachhinein habe ich festgestellt, dass man es besser etwas flexibler gestaltet, da ich z.B. nachträglich eine Traffic-Zählung eingeführt habe. Und dafür war es nicht dienlich, dass einzelne Module direkt an den Browser geprintet haben (z.B. für Ajax-Requests). Die sind mir dann nämlich durchgeflutscht und ich musste nachträglich die Struktur ändern.

Jetzt arbeitet das Teil mit zwei Hashes, das ist die interne Umgebung (Stammvariablen zu Farben, Pfaden etc.) und das CGI (%FORM). Und jedes Modul wird mit einem dritten Hash %return aufgerufen und die jeweiligen Module schreiben dann Ihre Rückgabe quasi dort hinein. Damit kann ich im Masterprogramm ganz hervorragend in die Module verzweigen, welche auch in einem Menü-Hash stecken und die Module geben dann je nach dem ihre Sachen zurück, die das Masterprogramm dann entspr. verwurstet und an den Browser printet.
Damit bin ich sehr zufrieden. Und wenn man die Aufteilung in Module nicht zu kleinteilig macht und die Module mit sprechenden Dateinamen belegt kommt man damit super klar, so meine Erfahrung.

Und alle Kleinigkeiten wie Sortierungen, Feldprüfungen für Eingaben, Dateihandlings etc. liegen in Bibliotheken im Masterscript. Hat den Vorteil, dass man dorthin nicht unbedingt alle Variablen übergeben muss, da dort die sub's auf die Variablen des Masters zugreifen.