#!/usr/bin/perl 

#use strict;
#use warnings;

my @ZeichenDNA;


print "Geben sie den Dateinamen ein:\n";

$DNA_dataname = <STDIN>;
chomp $DNA_dataname;

#Get name

unless (open(DNADATA, $DNA_dataname) ) 
        {
        print "Datei \"$DNA_dataname\" konnte nicht geöffnet werden";
        exit
        }

        $DNA = <DNADATA>;
        close DNADATA;


        chop($DNA);
        $DNA =~s/(>)/_/g;
        $DNA =~s/(\[)/>/g;

        $positionName=index($DNA,">");
        $ZeichenName = substr($DNA,$positionName,);
        chop($ZeichenName);
        
######################################################################

# Get Sequences

unless (open(DNADATA, $DNA_dataname) ) 
        {
        print "Datei \"$DNA_dataname\" konnte nicht geöffnet werden";
        exit
        }

        @DNA = <DNADATA>;
        close DNADATA;

#Hier wird das Array in einen String umgewandelt

$DNAString=join("",@DNA);
$DNAString =~s/(\])/,/g;

                $PositionDNA= index($DNAString,",");
                $Sequence = substr($DNAString,$PositionDNA+4,24);
                push(@ZeichenDNA, $Sequence);


#Die Sequenz wird in die Output.txt geschrieben

my $file = "Output.txt";

unless(open FILE, '>'.$file) {

        die "\nUnable to create $file\n";
        }


print FILE "$ZeichenName\n";
print FILE "@ZeichenDNA\n";

close FILE;