Array zeilenweise auslesen (solved) (Allgemeines zu Perl)

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Array zeilenweise auslesen [solved]

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azib

2015-10-28 18:49
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BenutzerIn
Hallo,
da ich neu hier bin, möchte ich erst einmal "Hallo" sagen und mich vorweg für eure Geduld bedanken. Ich bin "blutiger Anfänger" und hoffe, hier bei den ersten Schritten und vielen Fallstricken Hilfe zu erhalten.

Und damit falle ich denn auch mit der Tür ins Haus.

Ich habe eine Liste (.txt) mit 14 definierten Feldern. Aus dieser Liste möchte ich nun die Felder 2 und 13 auslesen und in eine neue Datei schreiben. Hierfür habe ich das folgende Skript begonnen (das ist vielleicht recht umständlich und vieles für den o.g. Zweck unnötig, aber ich habe mit dem Skript noch weitere Sachen vor):
Code (perl): (dl )

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#usr\bin\perl -w my $file="Test.txt"; my @a; my @neu; my @idx; my @gene; my @transcript; my @name; my @location; my @position; my @type; my @nuc; my @cov; my @aa; my @cond; my @hint; my @web; my @hgvs; open (IN,$file) or die "Datei $file konnte nicht gefunden werden\n"; while (<IN>){ chomp ($_); @a=split(/\t/, $_ ); # push (@idx, $a[0]); push (@gene, $a[1]); push (@transcript, $a[2]); push (@name, $a[3]); push (@location, $a[4]); push (@position, $a[5]); push (@type, $a[6]); push (@nuc, $a[7]); push (@cov, $a[8]); push (@aa, $a[9]); push (@cond, $a[10]); push (@hint, $a[11]); push (@web, $a[12]); push (@hgvs, $a[13]); } close IN; foreach (1..$#a){ @neu=($a[1],"\t", $a[13],"\n"); } open (DATEI, ">>Neu.txt"); print DATEI @neu; close DATEI;
In die neue Datei soll nun das Feld gene und das Feld hgvs geschrieben werden in der Form: gene \t hgvs\n
Das tut das Script auch, aber leider nur den letzten von 851 Einträgen. Der Fehler liegt sicher in dem Überschreiben der Einträge durch den jeweils nächsten Eintrag und ich weiß beim besten Willen nicht, wo hier der Fehler liegt.

Ich bin sicher, das Problem ist ganz einfach zu lösen.
Schon einmal vielen Dank!

modedit Editiert von GwenDragon: Perl-Code formatiert
Last edited: 2015-10-28 19:06:10 +0100 (CET)
- lichtkind
  
  2015-10-28 19:57
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  was mir erstmal aussällt istdas es vielleicht einfacher wird wenn du die ganzen arrays in einen zusammenhängenden hash packst, damit nciht alles so lose rumfliegt und zusammen ist was inhaltlich zusammen gehört. dann sieht das sehr nach CSV aus. schau mal nach Text::CSV. Wenn du den sep_char auf tab setzt macht es schonmal einen Teil der arbeit für dich und fängt nebenbei schonmal di emeisten dreckigen Grenzfälle ab.
  Dann nutze Bitte einen Handle in einer Variable und 3 paramteter open, also insgesamt:
  
  Code (perl): (dl )
  
  open (my $DATEI, '>>', "Neu.txt");
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
  
  use v5.12; # strict inclusive use Text::CSV; my @rows; my $file = "Test.txt"; my $csv = Text::CSV->new ( { binary => 1, sep_char => "\t" } ) # should set binary attribute. or die "Cannot use CSV: ".Text::CSV->error_diag (); open my $IN, "<:encoding(utf8)", $file or die "$file: $!"; open (my $OUT, '>>', "Neu.txt"); while ( my $row = $csv->getline( $IN ) ) { say $OUT $row->[1],"\t", $row->[13]); } close $IN; close $OUT;
  
  Last edited: 2015-10-28 19:59:13 +0100 (CET)
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- +3 replies
- hlubenow
  
  2015-10-28 20:40
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  BenutzerIn
  2015-10-28T17:49:56 azib
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8
  
  while (<IN>){ @a = split(/\t/, $_ ); } close(IN); foreach (0 .. $#a){ @neu = ($a[1], "\t", $a[13], "\n"); }
  
  Merkste was? In der while-Schleife verändert sich @a für jede Zeile. Wenn die Schleife zuende ist, enthält @a die Werte für die letzte Zeile.
  Mit der foreach-Schleife gehst Du dann also nur die Werte für die letzte Zeile durch. Das ist nicht, was Du möchtest.
  
  Ersatzvorschlag (ungetestet):
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
  
  #!/usr/bin/perl use warnings; use strict; my $file = "Test.txt"; my @a; my @neu; my $in; my $datei; open($in, "<" , $file) or die "Datei $file konnte nicht gefunden werden\n"; while (<$in>) { chomp($_); @a = split(/\t/, $_); push(@neu, "$a[1]\t$a[13]\n"); } close($in); open($datei, ">", "Neu.txt"); foreach (@neu) { print $datei $_; } close($datei);
  
  Last edited: 2015-10-28 20:50:45 +0100 (CET)
  - lichtkind
    
    2015-10-28 23:03
    
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    hlubenow++
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  - azib
    
    2015-10-28 23:28
    
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    @hlobenow
    Vielen Dank, habe das entsprechend mit eingebaut und damit ist das Problem gelöst!
    Klasse, danke!

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