Zwei Dateien auslesen (Allgemeines zu Perl)

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Zwei Dateien auslesen

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azib

2015-10-29 16:17

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Hallo,
(wieder einmal) ganz blöd gefragt:

Ich habe zwei Dateien, die ich jeweils in ein array auslese und dann einzelne Felder in jeweils eine neue Datei schreibe.

Code (perl): (dl )

$count=0;
my $file1="38579.txt";
my @a;
my @neu1;
my $in;
my $datei;

open ($in, "<", $file1) or die "Datei $file1 existiert nicht\n";
while (<$in>){
     chomp ($_);
     @a=split (/\t/, $_); 
     push (@neu1, "$a[1]\t$a[12]\n");
}
close ($in);

while ($count <=$#neu1){
$count++;
}
$count--;

open ($datei, ">", "38579neu.txt");
print $datei "no. entries: $count\n\n";
    foreach (@neu1){
    print $datei $_;
}
close ($datei);

$count=0;
my $file2="38943.txt";
my @b;
my @neu2;
my $in2;
my $datei2;

open ($in2, "<", $file2) or die "Datei $file1 existiert nicht\n";
while (<$in2>){
     chomp ($_);
     @b=split (/\t/, $_); 
     push (@neu2, "$a[1]\t$a[12]\n");
}
close ($in2);

while ($count <=$#neu2){
$count++;
}
$count--;

open ($datei2, ">", "38943neu.txt");
print $datei2 "no. entries: $count\n\n";
    foreach (@neu2){
    print $datei2 $_;
}
close ($datei2);

Ich weiß, das ganze ist recht umständlich, aber ich bin Anfänger in Sachen PERL.
Die erste Datei (38943.txt) wird so erzeugt, wie ich mir das vorstelle - kein Problem. Die zweite Datei wird ebenfalls erzeugt und enthält auch die korrekte Angabe "no. entries" (wird ja aus dem array @neu2 bezogen; die nachfolgende Liste enthält aber 3x den letzten Eintrag der ersten Datei.
Was ist denn hier passiert?

modedit Editiert von GwenDragon: Code formatiert
Last edited: 2015-10-29 17:13:39 +0100 (CET)

GwenDragon

2015-10-29 17:12

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Bitte beachte, dass Code hier im Forum zwecks Lesbarkeit formatiert gehört.
Für Perl-Code gibt es einen Button +ebr dem Artikel-Textfeld.
Lies bitte dazu /bat/poard/markup_help/
Last edited: 2015-10-30 09:12:43 +0100 (CET)
die Drachin, Gwendolyn

Unterschiedliche Perl-Versionen auf Windows (fast wie perlbrew) • Meine Perl-Artikel
+6 replies

hlubenow

2015-10-29 22:55

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Bitte benutze immer

Code (perl): (dl )

1
2

use warnings;
use strict;

am Anfang jedes Perl-Skripts. Hier hätte er dann z.B. das fehlende "my " vor "$count=0;" moniert. Vielleicht hättest Du auch noch weitere aussagekräftige Fehlermeldungen erhalten.

Ich persönlich mache auch Leerzeichen, bei mir würde das also

Code (perl): (dl )

my $count = 0;

heißen. Diese Stil-Sachen erscheinen zunächst vielleicht penibel/nervig, sind aber für die Lesbarkeit des Codes, die nicht unwichtig ist, von Bedeutung.
Achso: Nach if, while, usw. bitte ein Leerzeichen

Code (perl): (dl )

if ($a == 1) { ... }

aber bei Funktionsaufrufen zur Unterscheidung bitte kein Leerzeichen:

Code (perl): (dl )

chomp($a);

Mit dem eigentlichen Problem beschäftige ich mich, wenn Du das erstmal umgesetzt hast. ;)
Last edited: 2015-10-29 22:59:20 +0100 (CET)

+5 replies

azib

2015-11-02 16:15

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Lieber hlubenow,

vielen Dank erst einmal für die Anmerkungen hinsichtlich des Formatierungsstils - bin dankbar für diese Hinweise! Ich hoffe in dem nachfolgenden Skript habe ich die Dinge, die Du angemerkt hast auch richtig umgesetzt.

Ich habe noch einmal versucht, das Problem mit "for" zu lösen (die Dateien mit STDIN einzulesen), das hat aber auch nicht wirklich Abhilfe geschaffen:

Code (perl): (dl )

use warnings;
use strict;

my $file1;
my $file2;
my $in1;
my $in2;
my $datei1;
my $datei2;
my @out1;
my @out2;

print 'Enter ID Sample 1: ';
        $file1 = <STDIN>;       
        chomp($file1);
print 'Enter ID Sample 2: ';
        $file2 = <STDIN>;
        chomp($file2);

for ($file1){
        open ($in1, "<", $file1) or die "Datei $file1 konnte konnte wnicht gefunden werde!";
        while (<$in1>) {
        chomp($_);   
        my @a  = split(/\t/, $_);
        push (@out1, "$a[1]\t$a[12]\n");
        }       
        close ($in1);


        open($datei1, ">", "out1.txt");
        foreach (@out1) {
        print $datei1 $_;
        }

        close($datei1); 
 }
 
for ($file2){
        open ($in2, "<", $file2) or die "Datei $file2 konnte konnte wnicht gefunden werde!";
        while (<$in2>) {
        chomp($_);   
        my @b  = split(/\t/, $_);
        push (@out2, "$a[1]\t$a[12]\n");
        }       
        close ($in2);

        open ($datei2, ">", "out2.txt");
        foreach (@out2) {
        print $datei2 $_;
        }

        close($datei1); 
 }

Die erste Datei Out1.txt enthält genau das, was ich haben will, die zweite Datei Out2.txt enthält aber leider nur den letzten Eintrag der ersten Datei (x-mal). 
Woran liegt das denn? Wo liegt der Fehler?

+4 replies

azib

2015-11-02 16:19

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... sorry, habe es gerade selber gesehen (leider erst nach dem Abschicken) - wirklich zu dusselig!
Zeile 43 liegt der Fehler!
Trotzdem: passt das jetzt mit dem Formatierungsstil besser?

LG

Raubtier

2015-11-02 18:15

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Deine Einrückungen sind sehr merkwürdig. Damit du besser sehen kannst, welche Befehle innerhalb eines Blockes sind, solltest du alles, was zwischen { und } steht, gleich weit einrücken.

Vielleicht schaust du dir mal perltidy an.

hlubenow

2015-11-02 19:05

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Na ja, fast. ;) Ein paar Leerzeichen zwischen Funktionsnamen und Klammern waren bei Funktionsaufrufen noch da.
Mit den Einrückungen ist das so: Am besten macht man vier Leerzeichen pro Block. Auf die Dauer ist das am übersichtlichsten, vor allem, wenn man auf einer tieferen Blockebene schreibt. Also so:

Code (perl): (dl )

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

for my $i (1 .. 10) {
    # Block 1
    print "i: $i\n";

    for my $u (1 .. 5) {
        # Block 2
        print "u: $u\n";
    }
}

Ok?

An Deinem Code stimmt aber trotzdem was nicht, denn was macht

Code (perl): (dl )

for ($file1) { ... }

denn? Das ist nicht richtig. Wortwörtlich wäre Deins so:

Code (perl): (dl )

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

my $file1;
my $file2;
my $in1;
my $in2;
my $datei1;
my $datei2;
my @out1;
my @out2;
my $i;

print 'Enter ID Sample 1: ';
$file1 = <STDIN>;       
chomp($file1);

open ($in1, "<", $file1) or die "Datei $file1 konnte konnte nicht gefunden werden!";
while (<$in1>) {
    chomp($_);   
    my @a  = split(/\t/, $_);
    push (@out1, "$a[1]\t$a[12]\n");
}       
close($in1);

open($datei1, ">", "out1.txt");
foreach $i (@out1) {
    print $datei1 $i;
}
close($datei1); 

print 'Enter ID Sample 2: ';
$file2 = <STDIN>;
chomp($file2);
 
open ($in2, "<", $file2) or die "Datei $file2 konnte konnte nicht gefunden werden!";
while (<$in2>) {
    chomp($_);   
    my @b  = split(/\t/, $_);
    push (@out2, "$b[1]\t$b[12]\n");
}       
close($in2);

open ($datei2, ">", "out2.txt");
foreach $i (@out2) {
    print $datei2 $i;
}
close($datei1);

Wenn man Code-Abschnitte hat, die sich wiederholen, bietet es sich aber an, dafür eine Funktion zu verwenden. Das wäre dann so:

Code (perl): (dl )

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

sub processFile {
    my $nr = shift;
    my @a;
    my @out;
    my $i;
    print "\nEnter ID Sample $nr: ";
    my $filename = <STDIN>;       
    chomp($filename);
    open (my $in, "<", $filename) or die "Datei $filename konnte konnte nicht gefunden werden!";
    while (<$in>) {
        chomp($_);   
        @a  = split(/\t/, $_);
        push(@out, "$a[1]\t$a[12]\n");
    }       
    close($in);
    open(my $datei, ">", "out$nr.txt");
    foreach $i (@out) {
        print $datei $i;
    }
    close($datei);
}

processFile("1");
processFile("2");

HTH

lichtkind

2015-11-02 19:10

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ModeratorIn + EditorIn

sag bitte perl oder Perl nicht PERL , das tut den augen weh

Code (perl): (dl )

#!/usr/bin/perl

use v5.12;
use warnings;

sub processFile {
    my $nr = shift;
    my @a;
    print "\nEnter ID Sample $nr: ";       
    chomp(my $filename = <STDIN>);
    open (my $in, "<", $filename) or die "Datei $filename konnte konnte nicht gefunden werden!";
    open(my $out, ">", "out$nr.txt");
    while (<$in>) {
        chomp;   
        @a  = split /\t/;
        say $out $a[1],"\t",$a[12];
    }       
    close($in);
    close($out);
}

processFile($_) for qw/1 2/;

Code (perl): (dl )

for ($file2){

bewirkt nichts, eine schleife die einmal ausgeführt wird, was normaler code eh wird. ansonst wär das mein lieblingsstil:

wenn du richtig angeben willst geht auch:

Code (perl): (dl )

1
2

split(/\t/, $_);
        say $out join("\t", (split "\t" )[1,12] ) );

aber das ist schon an einer geschmacksgrenze, ne lösung mit regex fällt mir auch grad ein.
Last edited: 2015-11-03 10:11:06 +0100 (CET)

Tutorien in der Wiki, mein zeug:
kephra, baumhaus, garten, gezwitscher

Es beginnt immer mit einer Entscheidung.

Raubtier

2015-10-29 23:23

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Die Ursache deines Problems ist, dass du den Scope deiner Variablen zu groß lässt. Es ist immer eine gute Idee, die Variable innerhalb des {...}-Blocks zu deklarieren, in dem sie gebraucht wird. Es ist schlecht, wenn du zu viele globale Variablen hast.

Im speziellen Fall betrifft das unter anderem @a und @b.

In der oberen while-Schleife liest du über split in @a die Spalten ein und pushst dann $a[1] und $a[12] nach @neu1.

Unten, wo du das Spiel mit @b machst, verwendest du aber trotzdem $a.

Wenn du @a und @b nicht global deklariert hättest, sondern innerhalb der while-Schleife mit my @a = split... gearbeitet hättest, wäre der Fehler sofort aufgefallen.

Zusätzlich noch zwei Tipps:
- Du liest 2x eine Datei auf dieselbe Weise in ein Array ein. Mach eine Funktion daraus und rufe sie jeweils mit dem entsprechenden Dateinamen auf.
- Die Namenswahl deiner Variablen ist nicht gut. Zunächst verwende ich a und b nur sehr ungerne, weil $a und $b Spezialvariablen beim Sortieren sind. Alternativvorschlag in diesem Fall: @cols oder @spalten oder ähnlich - irgendwas, das den Inhalt beschreibt. Und wenn du irgendwie anfangen musst, Variablen zu numerieren (wie @neu1 und @neu2), dann solltest du (sofern es sich nur um 2 oder allerhöchstens 3 Variablen handelt) bessere Namen finden oder (sofern es mehr sind) ein Array verwenden.

Ach ja, und ALLE Hinweise aus hlubenows Posting vor mir beachten!
Last edited: 2015-10-29 23:29:42 +0100 (CET)

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