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Wiki:Tipp zum Debugging: use Data::Dumper; local $Data::Dumper::Useqq = 1; print Dumper \@var;
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[thread]7779[/thread]

needelman wunsch/smith waterman (Seite 2)

Leser: 1


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stef23
 2006-03-09 18:54
#63693 #63693
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2006-03-09
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also wie ich das mit dem output meinte. die matrix welche aufgebaut/ausgerechnet wird ist korrekt. dh der fehler liegt nur in einem bestimmt teil des programms.

Code: (dl )
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#### Optimale align ####
for ($i=1;$i<=$x;$i++)
{
$z=0;
    for ($j=1;$j<=$y;$j++)
    {
        if ($Hochw eq $LM[$i][$j])
        {
        $Ugabe=$Hochw;
        $q=$j;
        $w=$i;
            for ($k=0;$k<=10000;$k++)
            {
               
 $abbruch=0;

               
 if ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q]-1)
               
 {$qwe=$LM[$w-1][$q]-1;
               
 $align[$z]="-$ySeq[$w-1]|"."1";
               
 $Ugabe=$LM[$w-1][$q];
               
 $z=$z+1;
               
 $w=$w-1;
               
     if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }
               
 else
               
 {
               
 $abbruch=1;
               
 if  (($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]+2) || ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]-1))
               
 {$o=$o+1;
               
 $align[$z]="$xSeq[$q-1]$ySeq[$w-1]|";
               
 $Ugabe=$LM[$w-1][$q-1];
               
 $z=$z+1;
               
 $q=$q-1;
               
 $w=$w-1;
               
     if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
               
     if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }else{}
               
 }

               
 if ($Ugabe eq $LM[$w][$q-1]-1)
               
 {
               
 $align[$z]="$xSeq[$q-1]-|"."2";
               
 $Ugabe=$LM[$w][$q-1];
               
 $z=$z+1;
               
 $q=$q-1;
               
     if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }
               
 else
               
 {

               
 if ($abbruch eq 1){}else{
               
 if  (($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]+2) || ($Ugabe eq $LM[$w-1][$q-1]-1))
               
 {$o=$o+1;
               
 $align[$z]="$xSeq[$w-1]$ySeq[$q-1]|";
               
 $Ugabe=$LM[$w-1][$q-1];
               
 $z=$z+1;
               
 $q=$q-1;
               
 $w=$w-1;
               
     if ($w eq 0){$k=10000;}else{}
               
     if ($q eq 0){$k=10000;}else{}
               
 }else{}}

               
 }


            }
        }
        else{}
    }
}


@weiter=reverse(@align);
foreach $bla(@weiter)
{
print $bla; 
}


in dem teil wird/soll vom höchstwert welcher in der matrix ermittelt wurde (hier die 7 unten links) 'rückwärts' der/die optimalen wege zu genau dieser 7 ermittelt werden. ich hatte mich erstmal dadrauf beschränkt nur einen weg zu ermitteln. aber genau dadrin ist der fehler denn ich nicht finde.
er gibt mir diesen weg aus:
AA|GC|GG|GA|-A|1CC|TT|TT|
das soll aber bei rauskommen
AA|GC|GG|CT|-A|1CC|TT|TT|

deswegen komme ich auch nicht weiter er macht mitten drin einen fehler und anschließen baut er denn alignment wieder richtig auf. habe mich bei meinen problem wohl etwas unklar ausgedrückt sry.

danke schon mal für eure hilfe :)
lichtkind
 2006-03-09 19:00
#63694 #63694
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bist interessiert das ganze erstmal umzuschreiben?ich hab gleich unter hundert zeilen
Wiki:Tutorien in der Wiki, mein zeug:
kephra, baumhaus, garten, gezwitscher

Es beginnt immer mit einer Entscheidung.
stef23
 2006-03-09 19:00
#63695 #63695
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wie meinst das denn mit denn umkopieren?
$Ugabe=$Hochw; wenn du denn teil damit meinst dann ist das deswegen weil es möglich ist das auch mehrmals der $Hochw in der matrix vorkommt und in meinem script sonst der $Hochw nach dem ersten match verschwinden würde.
stef23
 2006-03-09 19:02
#63696 #63696
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klar würde ich es umschreiben wenn es auch kürzer geht. ist immer gut zu sehen wie ich mein code kürzer und schneller hinbekomme.
lichtkind
 2006-03-09 19:12
#63697 #63697
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den fehler sieht man wenn man es umdreht du hattest

AA|GC|GG|GA|-A|1CC|TT|TT|

nicht reverse aber

TT|TT|CC|-A|1GA|GG|GC|AA|

oder noch deutlicher

AA|.GC|.GG|.GA|.-A|1.CC|.TT|.TT|.

wenn ich print "$bla."; einsetze gibt dir das einen hinweis?
Wiki:Tutorien in der Wiki, mein zeug:
kephra, baumhaus, garten, gezwitscher

Es beginnt immer mit einer Entscheidung.
lichtkind
 2006-03-09 19:15
#63698 #63698
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was ich mit umkopieren meine ich berechne den höchsten wert so:
Code: (dl )
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#### höchsten Wert finden ####
$Hochw = 0;
for my $i (0..$x) {
    for my $j (0..$y) {
        $Hochw = $LM[$i][$j] if $Hochw < $LM[$i][$j];
    }
}

deine version:
Code: (dl )
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#### höchster Wert ####
$Hwert[0]=0;
$e=1;
for ($i=0;$i<=$x;$i++)
{
    for ($j=0;$j<=$y;$j++)
    {
    @Hwert[$e]=$LM[$i][$j];
    $e=$e+1;
    }
}

for ($v=0;$v<$#Hwert;$v++)
{
    if ($Hwert[$v] >= $Hwert[$v+1])
    {
    $Hwert[$v+1]=$Hwert[$v]
    }
else{}
}
$Hochw=$Hwert[$#Hwert];


ergbnis ist das gleiche\n\n

<!--EDIT|lichtkind|1141924690-->
Wiki:Tutorien in der Wiki, mein zeug:
kephra, baumhaus, garten, gezwitscher

Es beginnt immer mit einer Entscheidung.
stef23
 2006-03-09 19:23
#63699 #63699
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sry gibt mir keinen hinweis. das reverse ist nur dazu da um die richtige reinfolge aufzubauen, da ich auch von hinten beginne denn alignmenr aufzubauen.

Das GA in dem abschnitt ist einfach falsch an der stelle müßte ein CT stehen. also wird der alignment falsch aufgebaut es dürfte kein ausgabe fehler sein.
stef23
 2006-03-09 19:30
#63700 #63700
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nette konstruktion :)
for my $i (0..$x) {
for my $j (0..$y) {
$Hochw = $LM[$i][$j] if $Hochw < $LM[$i][$j];
}
}
ich wußte nicht das man eine if abfragung so umlenken kann.

achja selbst wenn der eine alignment richtig aufgebaut wird wäre das nur eine teilproblem lösung. aber bevor ich weiter gehe wollte ich zumindest das erstmal lösen können.
lichtkind
 2006-03-09 19:35
#63701 #63701
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2 fragen hab ich diese | sind trenner?

und wolltest du nicht eigentlich : @ySeq=("A","C","G","T","A","C",&quot
;
;G","T"); ?

grrr irgendwas nimmt das board nicht ich meinte ACGTACGT\n\n

<!--EDIT|lichtkind|1141925938-->
Wiki:Tutorien in der Wiki, mein zeug:
kephra, baumhaus, garten, gezwitscher

Es beginnt immer mit einer Entscheidung.
stef23
 2006-03-09 19:40
#63702 #63702
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ja genau das | sind einfach trenner für bessere optik.

nein die test ySeq sollte so aussehen.
@ySeq=("A","C","G","T","A","C",&quot
;
;T","T");
ansich sollen ja beliebige x/y-Seq verwendet werden können.

ist mir auch grade passiert... ySeq sollte aber ACGTACTT sein
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