use strict;
my $name = 'Server';
my @Server = qw(google google google web  gmx );
my @Pfad   = qw(start  start  test   mail sms );
my @Datei  = qw(index  start  login  test send);

my $l      = scalar @Server;

die "unterschiedlich große Arrays" if $l != scalar @Server or
                                      $l != scalar @Pfad   or
                                      $l != scalar @Datei  ;


my %Hash = ();

for my $index (0..$l-1) {
    # äußeren Hash-Schlüssel anlegen, Wert ist leeres anonymes Hash:
    $Hash{$name}{$Server[$index]} = {};
    # Pfad als Schlüssel eintragen und leeres anonymes Array als Wert:
    $Hash{$name}{$Server[$index]}->{$Pfad[$index]} = [];
}

# inneres Array füllen:
for my $index (0..$l-1) {
    push @{ $Hash{$name}{$Server[$index]}->{$Pfad[$index]} }, $Datei[$index];
}

use Data::Dumper;

print Dumper \%Hash;

(
    server => {
        web => {
            folder => {
                mail' => [ 'test' ]
            }
        },
        google => {
            folder => {
                test => [ 'login' ],
                start => [ 'index', 'start' ]
            }
        },
        gmx => {
            folder => {
                sms => [ 'send' ]
            }
        }
    }
)